Während der Schleswig-Holsteinischen Erhebung war Holtenau mit der Osteinfahrt des Eiderkanals immer wieder ein Ausgangspunkt für Unternehmungen zu Land oder zu Wasser gegen die dänischen Truppen. Das Kanalpackhaus diente als Munitionsdepot und der Einquartierung von Truppen. Der Kanalpackhausverwalter Thayssen war Offizier in der Schleswig-Holsteinischen Armee.

Während der Erhebung gegen Dänemark in den Jahren 1848–51 versuchten die Freischaren unter dem Kommando des bayrischen Majors von der Tann von Holtenau aus einen nächtlichen Angriff auf ein dänisches Blockadeschiff. Dazu schreibt Werner von Siemens (Abb. 1) in seinen Lebenserinnerungen:

“Das Freicorps sammelte sich bei Holtenau, wo auch die Boots-Escadre organisirt wurde, die den nächtlichen Angriff ausführen sollte. Am Tage vorher fand auf dem Festungshofe eine Paradeaufstellung des Freicorps statt, die mir nicht viel Vertrauen auf das Gelingen des gewagten Unternehmens einflößte. Es fehlte den Leuten vielleicht nicht an kühnem Muthe, wohl aber an Disciplin und ruhiger Entschlossenheit. Von der Tann und sein Adjutant bemühten sich vergebens, das wilde Durcheinander in militärische Ordnung umzuwandeln. [...]
Die Boots-Escadre sollte Nachts um 111/2 Uhr in größter Stille und ohne jedes Licht die Festung passiren und dann gegen das Blockadeschiff zum Angriff vorgehen, wenn ein von der Festung gegebenes Signal bezeugte, daß das feindliche Schiff in gewohnter Ruhe verharre. Das Signal wurde rechtzeitig gegeben, es wurde aber etwa 1 Uhr, ehe die ersten Boote bei der Festung an langten. Darauf vergingen nahezu zwei Stunden, ohne daß irgend etwas geschah, und endlich kam die ganze Bootsmenge ohne jede Ordnung und unter lautem Getöse zurück. Der »Admiral« hatte erst das Blockadeschiff nicht finden können und dann wollte er beobachtet haben, daß das Schiff alarmirt und mit Enternetzen versehen wäre, so daß ihm offenbar der geplante Angriff verrathen worden sei. Unter Verrathgeschrei kehrte die Expedition nach Holtenau zurück und löste sich bald darauf ganz auf. Am nächsten Morgen lag das Schiff an seiner gewohnten Stelle, und es war mit den schärfsten Fernrohren keine besondere Armirung gegen einen drohenden Angriff zu erkennen.”

Am 16. Mai 1848 erließ die dänische Regierung eine Note, daß dänische Kriegsschiffe fortan auch den Kieler Hafen und die Mündung des Eiderkanals blockieren würden. In Holtenau muß es während des Jahres 1850 ein kleines Lazarett gegeben haben, was aus den folgenden Zeilen hervorgeht:

“[...] daß endlich in Holtenau in dem zu 20 Betten eingerichteten Hospital von Anfang Mai bis Mitte Oktober 263 größtentheils leichte Kranken behandelt worden, von welchen keiner gestorben.”

Während sich das Hospital in unmittelbarer Nähe des Kanalpackhauses befand wurde dieses selbst während der Schleswig-Holsteinischen Erhebung auch als Munitionsdepot genutzt. Gleichzeitig war das Kanalpackhaus auch dafür gedacht, bis zu 600 Matrosenzu kasernieren:

“Kiel bot kein Local, in welchem auch nur die vollzählige Bemannung eines Kanonenbootes, geschweige denn die erwarteten 500 – 600 Mann sich unterbringen ließen. Die Einquartierung bei den Bürgern schien mit der vom ersten Anfange an erforderlichen strengen Ordnung unvereinbar. Am 13. Februar beantragte die Commission die Einrichtung des Kanalzollpackhauses in Holtenau zur Marinekaserne, die auch sofort unter möglichster Annäherung an die Einrichtungen eines Schiffsraums ins Werk gesetzt, mit Räumen für Segelmacher, für Vorräthe, für Gefängnisse versehen, daneben ein freistehendes Küchengebäude hergestellt und ein nahe gelegenes kleines Haus zum Hospital für Leichtkranke verwendet wurde.”

Von diesem strategisch günstig gelegenen Marinestützpunkt aus wurden in der Folge auch mehrere Unternehmungen gegen die Dänen geführt:

“Am Abend des 18. Juni waren zwei Kanonenboote zur Sicherung der Schlei nach Schleimünde abgegangen. Um zu erfahren, ob sie glücklich ins Freie gekommen, und um nöthigenfalls ihnen Hülfe zu bringen, ging um Mitternacht des 19. Juni der Bonin (Lieutenant Schau), begleitet von dem Schraubendampfer Von der Tann (Lieutenant Lange) von Holtenau in See. In einiger Entfernung folgten vier Kanonenboote (Nr. 3, 6, 9 und 12, geführt vom Schiffsfähnrich Spieler), von dem nicht bewaffneten Dampfschiff Löwe geschleppt. Die Flottille (14 Kanonen und etwa 300 Mann Alles in Allem), gewahrte, ungefähr 4 Meilen in See, NOzO von Bülk, das Linienschiff den Skjold (84 Kanonen, 650 Mann) vor Anker liegen, griff denselben sofort an und nöthigte ihn, Segel zu setzen.”

In den Gefallenenlisten der Schleswig-Holsteinischen Armee finden sich nur zwei Soldaten aus Holtenau und Knoop: Im März 1849 verstarb der Dragoner des 1. Dragoner Regiment, 2. Schwadron der Schleswig-Holsteinischen Armee Christian Detlef Friedrich Boll vom Gut Knoop in Schleswig an Typhus und im August der Musketier Heinrich Mähl aus Holtenau nacheinem Schuß in den Oberschenkel.